Die Stiftung besteht aus den drei Organen - Vorstand, Kuratorium und Beirat sowie der Geschäftsführung.

Der Vorstand der Naturschutzstiftung Landkreis Lüneburg ist mit fünf Personen besetzt. Die Amtszeit ist an die Wahlperiode des Kreistages des Landkreises Lüneburg gekoppelt. Die Geschäftsführung ist ständiges beratendes Mitglied des Vorstands.

Der Vorstand entscheidet in allen grundsätzlichen Angelegenheiten der Stiftung. Dazu gehören insbesondere die Verwaltung des Stiftungsvermögens, die Verwendung der Mittel sowie die jährliche Aufstellung des Haushaltsplans, der Jahresrechnung und des Tätigkeitsberichts. Der Vorstand hat außerdem die Aufgabe Mitglieder in den Beirat zu berufen.

Das Kuratorium unterstützt den Vorstand und kontrolliert unter anderem, ob die Tätigkeiten der Stiftung im Einklang mit ihrer Satzung stehen. Wie beim Vorstand ist die Amtszeit an die Wahlperiode des Kreistages des Landkreises Lüneburg gekoppelt.

Der Beirat hat vor allem eine beratende Funktion in der Stiftung. Er besteht aus Vertretern von 15 Institutionen mit Bezug zum Themenfeld Naturschutz im Landkreis. Dazu gehören Naturschutzverbände, Gewässerunterhaltungsverbände, Vertreter/innen von Bauernverband, Forst, Jägerschaft, Sportanglern, Biosphärenreservat, Naturpark Lüneburger Heide und Kommunen. In diesem Gremium kommen umfangreiches Fachwissen, aber ebenfalls unterschiedliche Perspektiven auf naturschutzfachliche Fragestellungen zusammen.

Die Geschäftsstelle kümmert sich um alle laufenden Geschäfte der Stiftung. Dazu gehört unter anderem die Organisation der Gremienarbeit, die Flächenakquise, das Management der Flächen, die Organisation und Durchführung von Naturschutz- und Umweltbildungsprojekten, Fördermittelakquise sowie die Öffentlichkeitsarbeit. Ein weiterer wichtiger Aufgabenbereich besteht in der Vermarktung von Ökopunkten, die auf den Flächen der Stiftung generiert werden. Die Besetzung der Geschäftsstelle wird vom Vorstand bestellt.